Es maestro en Teología por la Universidad Gregoriana de Roma y doctor en Historia por la Escuela de Altos Estudios en Ciencias Sociales de París. Es profesor-investigador del Centro de Estudios de las Tradiciones de El Colegio de Michoacán y ha impartido cátedra en otras muchas instituciones como: El Seminario Tridentino de Morelia, la Universidad Autónoma del Estado de México, la Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, y su alma mater la Escuela de Altos Estudios en Ciencias Sociales de París, por citar algunas. El profesor Herrejón ha desempeñado diversos cargos como el de Coordinador de la Escuela de Historia de la Facultad de Humanidades de la Universidad Autónoma del Estado de México, fue Jefe del Departamento Editorial de la misma institución, Miembro de la Junta de Gobierno de El Colegio Mexiquense y Secretario General y luego Presidente de El Colegio de Michoacán.
El doctor Herrejón ha dirigido cerca de una treintena de tesis de grado y cuenta con una numerosa obra que incluye artículos, reseñas, capítulos de libros y libros. Entre su producción merecen mención las obras: Los orígenes de Morelia, publicado en el año 2000 por El Colegio de Michoacán; Del sermón al discurso cívico: México, 1760-1834, editado en 2003 por El Colegio de Michoacán y El Colegio de México; Testigos de la primera insurgencia: Abasolo, Sotelo y García, publicado en 2009 por la Secretaría de Gobernación y el Instituto Nacional de Estudios Históricos de las Revoluciones de México; e Hidalgo: maestro, párroco e insurgente, editado en 2011 por Grupo Financiero Banamex y Editorial Clío. Las investigaciones del doctor Carlos Herrejón se han centrado en el estudio de la historia virreinal de Nueva España, en la etapa de la guerra de Independencia de México, así como en la historia de Michoacán.
El doctor Herrejón pertenece al Sistema Nacional de Investigadores con el nivel III desde el año de 1997 y entre los múltiples reconocimientos que ha recibido destaca el Premio a la Investigación Histórica, convocado por el INAH en 1991, la obtención de la Condecoración Generalísimo Morelos, otorgada por el Ayuntamiento de Morelia, en 1994, la Presea Exaval de la Sociedad de Exalumnos del Instituto de Valladolid, en 1997. Presea Vito Alessio Robles a la Investigación Regional, Gobierno del Estado de Coahuila – Universidad Autónoma de Coahuila, Saltillo, en 2003.
